Cylonii au fost creaţi de oameni. Apoi au evoluat. Şi s-au răzvrătit.
40 de ani după primul război Cylon, Cylonii s-au întors şi au distrus cele 12 colonii. Cu o flotă de nave improvizată, Battlestar Galactica a reuşit să scape de atac şi a pornit în căutarea legendarului loc natal al celui de-al 13-lea trib de oameni - cunoscut sub numele de planeta Pământ.
După ce au fost urmăriţi luni de zile de către forţele Cylone, Battlestar Galactica şi flota sa Colonială s-au reunit cu Pegasus Battlestar, un alt supravieţuitor al atacului Cylon. Împreună au reuşit să atace şi să distrugă nava de Resurecţie a Cylonilor.
Înfuriaţi de pierderea navei de Resurecţie, Cylonii lansează un contraatac masiv împotriva flotei Coloniale. Prinsă pe nepregătite, flota colonială încearcă să sară într-un loc sigur, dar ceva nu merge bine. Drive-urile ambelor flote sunt supraîncărcate de un impuls masiv de energie, declanşând un salt necontrolat care i-a aruncat în afara cursului.
În Battlestar Galactica Online, atât flota Colonială, cât şi cea Cylonă se trezesc blocate într-o zonă neexplorată de spaţiu, la marginea unuia dintre braţele galactice. Puternic deteriorate şi cu resurse reduse, ambele flote trebuie să lupte contra cronometru pentru repararea şi reînarmarea navelor, precum şi pentru a-şi asigura controlul asupra sistemelor bogate în Tylium, metale şi apă. Flota Colonială caută cu disperare o cale de ieşire şi încearcă cu toate forţele să descopere planeta Pământ, înainte ca cylonii să-şi poată recupera puterile şi să-i distrugă definitiv.
